Sementara keadaan desa Konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin 'Akatsuki' yaitu Pein dan Konan. Pein yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan. Pein yang bertemu dengan Iruka langsung hendak membunuhnya tetapi diselamatkan oleh Kakashi. Pertarungan Pein dan Kakashi pun dimulai. Kakashi yang mengeluarkan Raikiri ditangkis dengan mudah oleh Pein. Tsunade yang hendak memanggil Naruto kembali oleh sebuh katak, ditahan oleh Danzo. Naruto yang sedang menjalani 'tes percobaan dengan chakra senjutsu' untuk yang terakhir ternyata juga mendapat hambatan. Konoha semakin gawat. Konan juga mulai beraksi dengan jutsu merubah tubuh menjadi kertas. Tsunade yang sangat khawatir dengan keadaan desa Konoha, segera memanggil Kuchiyose miliknya. Kakashi vs Pein semakin mendekati akhir. Tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh pain untuk membantu pain salah satu tubuh tersebut bebrubah menjadi senjata dan menyerang Kakashi. tapi karena kehebatan Kakashi kakashi mengubah cakranya menjadi bayangan klon petir. tubuh kakashi pun lemah karena melepaskan semua chakranya. akhinya datanglah dua anggota klan Akimichi salah satu yang datang adalah ayah Chouji. Kedatangan klan Akimichi, sangat membantu banyak bagi Kakashi. Walaupun dalam keadaan terdesak, Kakashi masih bisa mempunyai Ide. Awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang Pein lewat dalam tanah oleh serangan Kakashi. Ternyata itu hanya sebuah trik Kakashi, untuk menyerang Pein oleh Chouji dan ayahnya. Serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh Pein yaitu Asura. Dalam Keadaan terkejut, Kakashi semakin tak berdaya. Dan dia diserang Pein dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh. Di lain tempat, Naruto yang sedang istirahat mengkhawatirkan keadaan desanya jika diserang oleh Akatsuki. Fukasaku mencoba menghiburnya dengan memuji ninja-ninja Konoha. Setelah istirahat selesai, Fukasaku mengajak Naruto untuk latihan yang baru yaitu Fusion.
Sesaat sebelum paku tersebut mengenai kakashi dia menggunakan mangekyou sharingan untuk menghilangkan pakunya dan kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk menolong chouji yang akan melapor pada tsunade. Disaat yang sama Danzo menunjukkan niat yang asli yaitu menjadi hokage yang baru. Sementara itu, Tsunade menugaskan Katsuyu untuk mengevakuasi seluruh korban ninja Konoha. Klan Yamanaka juga ikut andil. Mereka tengah mencari informasi tentang Pein di desa Amegakure. Tubuh Pein yang satunya yaitu Deva, ternyata masih hidup dan menyerang Chouji dan digagalkan Kakashi lewat mangekyo sharingan. Dengan Chakra yang terbatas, Kakashi untuk terakhir kalinya mengenang masa lalunya dan memikirkan teman ninja satu timnya yaitu Uchiha Obito dan Rin. Kakashi terus mengenang masa lalunya ketika Obito memberinya mata sharingan dan ninja-ninja Konoha yang lain. Di alam yang lain, Kakashi ternyata bertemu dengan ayahnya yang sudah meninggal lebih dahulu. Naruto menjalani latihannya bersama Fukasaku yaitu Tehnik Sage Amfibi. Di tempat lain, Tubuh Pein Animal dan Human memanggil monster raksasa, untuk menyerang klan Yamanaka. Ternyata ayah Ino mengetahui tubuh Pein Animal merupakan sebuah mayat. Dan hampir semua rahasia Pein terbuka. Di tengah pertarungan, Konohamaru muncul dan ketakutan.Tubuh Pein yang lain yaitu Naraka menginterogasi habis-habisan dua ninja Konoha. Akan tetapi, kedua ninja itu tidak tahu menahu tentang Naruto akhirnya mereka mati mengenaskan. Ternyata Konohamaru menyaksikan kejadian tersebut lalu dia salah tingkah dan mengeluarkan bunyi. Naraka langsung ke tempat tersebut. Ebisu datang untuk menyelamatkan Konohamaru sebelum Naraka menemukannya. Ebisu langsung ditanyai keberadaan Naruto. Ebisu mengenang Naruto dan perannya sebagai ninja Konoha. Tanpa ragu-ragu Ebisu mengatakan 'Naruto adalah warga Konoha, aku takkan memberitahumu keberadaan Naruto'. Tentunya Naraka marah dan langsung ingin membunuhnya. Konohamaru yang tidak tahan lagi akan perlakuan Naraka akhirnya keluar dari tempatnya dan langsung menyerang Naraka.